Además del llamado a juicio de Bernardo Ñoño Elías, por nuevas pruebas en su contra en el caso Odebrecht, hay otra mala noticia para su familia: el Consejo de Estado tumbó la decisión que ordenó pagarles una gran suma de dinero en el año 2004.
El 5 de mayo de 2000, se ordenó una medida de aseguramiento en su contra por peculado por apropiación y celebración de contrato sin cumplimiento de los requisitos legales. También otra medida con beneficio de libertad provisional por falsedad ideológica en documento público y una medida de aseguramiento de caución prendaria por el delito de peculado.
Esto, porque como contratista suscribió unas actas de interventoría de obra que fueron firmadas por una persona distinta al interventor, pero tras su captura, el Tribunal Superior de Sincelejo lo absolvió porque su conducta no implica un delito. En consecuencia, la familia pidió la indemnización por los perjuicios causados.
En total eran 6 personas, entonces solicitaron más de $390 millones por perjuicios morales, más 78 millones de pesos por el daño a la vida de relación, y más de 12.387 millones por los ingresos que dejaron de recibir. En el 2014 el Tribunal Administrativo de Sucre concedió la indemnización parcialmente.
El Consejo de Estado revisó y reconoció que cuando alguien es absuelto puede ser indemnizado pero eso no aplica en su caso, pues sus mismas acciones llevaron a la decisión judicial.
Aunque al final no fue condenado, sí firmó las actas, en las que señalaba que todos estaban presentes, incluidos el interventor de la obra, así que “no era ajeno a los hechos”.