Debido a la renuncia de Álvaro Uribe Vélez a su posición como congresista, la Sala Especial de Instrucción de la Corte Suprema de Justicia estableció que perdió la competencia para investigarlo por las masacres de La Granja y El Aro (Antioquia), por lo que remitió el proceso a la Fiscalía General.
La investigación contra Uribe es adelantada por presunta conformación, promoción o financiación de una estructura armada organizada al margen de la ley, a mediados de los 90 y en el nordeste antioqueño. Al parecer, dicha estructura utilizó como base de operaciones la Hacienda Guacharacas, de propiedad de la familia Uribe Vélez para esa época.
La Corte Suprema le entregó a la Fiscalía información sobre la presunta intervención de Uribe, en su condición de gobernador de Antioquia, en la masacre de la Granja, ocurrida el 11 de junio de 1996 y en la Masacre de El Aro, que se desarrolló entre los días 22 y 31 de octubre de 1997.
El tribunal también remitió información sobre el homicidio del abogado, concejal de Ituango para la época de las masacres y defensor de Derechos Humanos Jesús María Valle Jaramillo, ocurrido el 27 de febrero de 1998 en Medellín.
